Guna mengaktualisasikan tugas dan fungsinya, Kantor Kementerian Agama Kabupaten Jember mempunyai stuktur organisasi sebagai berikut :

• Sub Bagian Tata Usaha;
• Seksi Pendidikan Madrasah;
• Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren;
• Seksi Pendidikan Agama Islam;
• Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umrah;
• Seksi Bimbingan Masyarakat Islam;
• Penyelenggara Syariah;
• Penyelenggara Katholik;
• Penyelenggara Kristen dan
• Kelompok Jabat Fungsional Tertentu.