Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren (PD Pontren) bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendidikan diniyah, diniyah takmiliyah, kesetaraan, Al-Quran, dan pondok pesantren.